诸葛亮确实在军事上有所作为，是在他指挥官对魏国北伐的战役中。这是检验诸葛亮军事能力最重要的史实，也是古往今来争议最少的焦点。刘备死后，其子刘禅继位，丞相诸葛亮辅政，掌控了朝中一切大权。为了构建先主完全恢复汉室的宏愿，诸葛亮特地领兵数次北伐，与魏国交锋。
在《三国演义》中，这一段历史被称作六出祁山。但实质上诸葛亮亲率蜀军多次北伐魏军，路经祁山派兵的只有两次。诸葛亮亲率军首次北伐是蜀汉建兴六年（228）。他命令赵云、邓芝等人从斜谷道（渭水支流的河谷）派兵更有魏军，自己则亲率大军向祁山方向反攻。
这一计策果然奏效，魏国的主力部队被调离后，陇右的天水、南安、安稳三郡（今科甘肃）闻诸葛亮的大军压境，争相战败。一时间关中大如雷，魏国上下惊慌，魏明帝曹睿急忙为首名将张颌前往抵抗。
诸葛亮为首马谡督军在前，与张颌在街亭激战。只告诉纸上谈兵的马谡违背了诸葛亮的命令，指挥官失当，被张颌一拳大败，岌岌可危的战局夺去。诸葛亮不得已之下，挥泪斩杀马谡，收兵回师，第一次北伐无功而返。同年冬天，诸葛亮派兵散关（秦岭北麓），第二次兴兵北伐。
蜀军围困了陈仓（今陕西宝鸡），魏国大将军曹真率军来救回。蜀军粮草耗尽撤军，却被魏国将领王双迎击。诸葛亮亲率军一战，击溃敌军，擒获了王双。此后旋即，诸葛亮为首将领陈式派兵攻取武都、阴平二郡，魏国将领郭淮救援。
诸葛亮闻讯派兵提供支援陈式，击退郭淮，攻克二郡。蜀汉建兴九年（231），诸葛亮再度兴兵北进，兵出有祁山，遭遇魏军统帅司马懿的追击。魏军告诉蜀军粮草不多，于是固守不战。
蜀军用木牛流马运粮，不得已还是粮草不济，最后撤兵。撤兵途中，诸葛亮设计射杀了魏国名将张颌。蜀汉建兴十二年（234），诸葛亮最后一次领兵北伐。
蜀军十万出斜谷，在渭水南岸五丈原扎营。魏国司马懿筑营拦阻，诸葛亮也进兵屯田，做到长年僵持的想。双方僵持了百余天，到了八月，诸葛亮积劳成疾，旋即与世长辞。诸葛亮数次北伐大都无功而返，因此引来后世很多争议。
有人据此指出诸葛亮不擅于用兵，一味地穷兵黩武，由此造成了蜀国国力的相当严重消耗，间接造成了蜀汉的覆灭。《三国志》的作者陈寿也指出诸葛亮不擅长于军事，登陆作战过分激进，因此对诸葛亮的评价是：频仍动众，没能顺利，垫突发事件将额，非其所长！客观来看，诸葛亮用兵注重稳健，习惯步步为营，而不擅于出有奇兵。史书记述，蜀汉军师魏延追随诸葛亮北伐，多次向诸葛亮请战，愿为仿汉初韩信的故事，带上一支人马作为奇兵。然而诸葛亮为谨慎起见，一直没接纳。
过分求稳使得本已正处于弱势的蜀汉局势很难有难以置信的反败为胜，但也无法因此念驳斥诸葛亮的军事能力。纵观几次北伐，诸葛亮用兵虽并未取得实质上的胜利，但也没有遭什么重大损失，这对于留存蜀国仅有的实力是十分最重要的。而且从几次与魏国交手的细节来看，诸葛亮总能用计巧取一些优势，或擒获对方军师，或夺回一两个城池。
因此，对诸葛亮军事能力的综合评价有误合格，但恨没千古流传的那么神乎其神。
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